L'OM réclame en outre 3 millions d'euros au défenseur lyonnais pour non respect de contrat. La controverse remonte au 9 février 2006. Clerc avait alors paraphé un accord sous seing privé avec les dirigeants marseillais en vertu de l'article 18.3 du réglement de la FIFA, autorisant les joueurs, à six mois de la fin de leur contrat, à s'engager avec un autre club. Une disposition que la LFP n'a toutefois toujours pas retranscrite dans ses textes. Promu entre-temps international, le jeune lyonnais s'était réengagé pour quatre ans, début mai 2006, avec son club d'origine, pour des émoluments au moins deux fois supérieur à ceux proposés par l'OM. Début juin 2006, la LFP avait homologué ledit contrat estimant qu'il respectait « les dispositions conventionnelles et réglementaires applicables ». Ce que réfute haut et fort les Phocéens. Pour eux, Clerc « s'est engagé avec l'OM et puis il a changé d'avis et il a essayé de trouver quelques facéties procédurales pour changer son fusil d'épaule », tonne Me Henri Labi. Pour éclaircir la situation, l'avocat du club marseillais « a décidé de poser la question au conseil des prud'hommes et à toutes les instances pour savoir - dans ce dossier mais aussi dans tous les autres -, comment on peut s'en sortir ».